La historia de SBPC está profundamente ligada al proceso de evolución social, política y económica brasileño de las últimas seis décadas. El momento de creación de la institución fue en 8 de julio de 1948 cuando un grupo de científicos, reunido en el auditorio de la Asociación Paulista de Medicina, decidió fundar una Sociedad para el Progreso de la Ciencia basándose en los modelos ya existentes en otros países. Era un momento de la historia de la humanidad marcado por el fin de la segunda guerra mundial y a lo ancho del planeta las naciones tomaban conciencia de la urgente necesidad de incentivar la ciencia para promover el desarrollo social y económico.
Los primeros años de existencia de SBPC coinciden con el reconocimiento y la institucionalización de la ciencia en Brasil, con la creación por parte del gobierno federal de organizaciones como el Consejo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (CNPq, 1951) y la Coordinación de Perfeccionamiento de la Enseñanza Superior (Capes, 1951). Son estas organizaciones, aliadas a una red de instituciones de enseñanza superior que se estructuraba a la época y al fortalecimiento de la comunidad científica, que poco a poco permitieron que el país demostrara su capacidad de producir y utilizar conocimiento científico y tecnológico.
La SBPC ha tenido un rol fundamental de resistencia durante los 20 años al gobierno militar (1964 – 1984), principalmente al manifestarse en contra de persecuciones a profesores, investigadores y estudiantes e interferencias a los sistemas educacional y científico que pudieran herir la autonomía de las universidades. Paradójicamente, durante el gobierno militar fueron creadas organizaciones que impulsaron el desarrollo científico y tecnológico, como la Empresa Brasileña de Investigación Agropecuaria (Embrapa, 1972) y la Empresa Brasileña Aeronáutica (Embraer, 1971).
En los años ochenta, la SBPC lanzó la revista Ciéncia Hoje (1982) y posteriormente el Jornal da Ciência (1987), canales efectivos de comunicación entre la comunidad científica y la sociedad. A partir de mediados de los ochenta, con el regreso del régimen democrático, fue creado el actual Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación (MCT&I, 1985), lo que posibilitó el fortalecimiento del sistema nacional de C&T. Programas de posgrado de calidad, instituciones de investigación y desarrollo, y fundaciones de apoyo a la investigación en gran parte de los estados brasileños, hicieron que la ciencia brasileña obtuviera un rol de destacado en el panorama internacional.
La SBPC ha participado activamente en todos estos momentos y es consciente que aún hay un largo camino a recorrer hasta que la ciencia, la tecnología y la innovación desarrolladas en el país logren influir directamente en la calidad de vida y bien estar de la sociedad brasileña.